名偵探柯南

在朝霞照映的海面上，漂浮著一艘裝載著炸彈，如謎一般的船隻。這艘船就是一切故事的源起……

京都的舞鶴港海域，日本海上自衛隊舉行了一場體驗航海活動，讓民眾能夠體驗搭乘神盾艦。柯南、小蘭、毛利小五郎和少年偵探團等人也參加了活動，這天全國各地來的孩子們都聚集在一起。裝備了電子武裝的高科技戰艦帶來的巨大力量，震撼了在場的所有人。

然而，突然間一陣巨大的爆炸聲響起，不知道是不是神盾艦在表演過程中居然發射出實彈？還是什麼事情發生，不確定的聲響讓艦內瞬間蔓延緊張不安的氣氛。不久後，船員發現了海面上漂浮著的一具失去左臂的遺體，居然是自衛隊員的遺體！現場也留下了不少可疑之處……

這時候，柯南挺身而出，展開搜查，得知某國間諜「X」竟然已經潛入了艦內。不過，這個間諜「X」到底是誰？和那艘可疑船隻又有什麼關係？暫時還無法得知。可是間諜的身影卻已經潛伏在了柯南等人的身邊……

這時，有人對小蘭伸出了魔爪！柯南面臨危險至極的緊急任務！更令人震驚的是，間諜的目標竟然是日本全國！這次航海隱藏的巨大陰謀，遠遠超出了想像，將震動日本全境！機智偵探VS狡猾間諜，誰將勝出？！